収益事業の経理処理は、収益事業以外の事業の経理と区分する必要があります。法人税の課税標準となる所得金額は、各事業年度の売上等の益金の額から原価、販売費及び一般管理費等の損金の額を控除して計算しますが、宗教法人については、収益事業から生じた所得についてのみ法人税が課税されますので、収益事業に係る収支、資産及び負債と収益事業以外の事業に係る収支、資産及び負債とを区分して経理し、収益事業に係る所得金額を計算することとされています。

この場合、収益事業と収益事業以外の事業とに共通する費用又は損失の額については、その費用又は損失の性質等に応ずる、例えば使用面積、従業員数等の合理的な基準により、それぞれの事業に配賦し、その配賦したところに基づいて経理することになります。

なお、資産の区分経理については実際問題として困難な場合もありますので、例えば収益事業と収益事業以外の事業とに共用されている資産（それぞれの事業ごとに専用されている部分が明らかな場合を除きます。）について、これを収益事業の資産としての区分経理はしないで、決算のときにその償却費を使用面積割合等によって区分し、収益事業の経費を計算するというような方法によっても差し支えありません。