税務署への届出や申請には収益事業の開始届出など種々のものがあります。宗教法人が新たに収益事業を開始し、又は現に収益事業を行っている場合に税務署に対して届出をし、又は申請をするものとしては、次のようなものがあります。
１ 収益事業の開始届出
宗教法人が新たに収益事業を開始した場合には、その開始した日以後2か月以内に「収益事業開始届出書」を所轄の税務署長に提出することになっています。
２ 青色申告の承認申請
青色申告書を提出する法人については、欠損金の繰越控除（９年間（平成20年3月31日以前に終了した事業年度において生じた欠損金は７年間））や租税特別措置法の規定による特別償却等の特典が受けられることになっています。
青色申告書を提出しようとする場合には、その提出しようとする事業年度開始の日の前日までに所轄の税務署長に「青色申告の承認申請書」を提出して、その承認を受けることが必要です。
なお、収益事業開始初年度から青色申告書を提出しようとする場合には、その開始の日以後3か月を経過した日と収益事業開始初年度終了の日とのうち、いずれか早い日の前日までに申請すればよいことになっています。
３ 棚卸資産の評価方法の届出
税務署への届出や申請には収益事業の開始届出など種々のものがあります。
法人税の計算において、棚卸資産の評価方法や有価証券の1単位当たりの帳簿価額の算出方法は、法人の選択により一定の方法が選べることになっていますので、宗教法人がそれらの選択をしようとする場合には、所定の期日までにその選択しようとする方法を届け出てください。また、減価償却資産の償却方法についても、建物や無形減価償却資産を除いて法人の選択により一定の方法が選べることになっていますので、所定の期日までにその選択しようとする方法を届け出てください。
なお、この届出をしない場合には、例えば棚卸資産の評価方法については最終仕入原価法、減価償却資産の償却方法については定率法（建物や無形減価償却資産については定額法）というように法律で定められた方法により計算をすることになります。