収益事業を行う宗教法人は、各事業年度終了の日の翌日から２か月以内に所轄の税務署長に 対して所得金額や法人税の額等を記載した確定申告書を提出するとともに、その法人税の額を納付しなければなりません。
なお、確定申告書の提出に当たっては、収益事業に関する貸借対照表や損益計算書等だけでなく、収益事業以外の事業に関するこれらの書類も添付する必要があります。
収益事業を行わないため法人税の確定申告書を提出する義務のない宗教法人であっても、布施収入などを含めた年間の収入金額（資産の売却による収入で臨時的なものを除きます。）の合計額が8,000万円を超える場合には、その事業年度の損益計算書又は収支計算書（以下「損益計算書等」といいます。）を事業年度終了の日の翌日から４か月以内に、所轄の税務署長に 提出する必要があります。
なお、宗教法人法など他の法令に基づいて損益計算書等を作成している場合で、事業収入が事業の種類ごとに区分されているもの又は事業収入の明細書が添付されているものであれば、 その損益計算書等を提出して差し支えありません。