租税特別措置法40条は、一定の要件を満たしていることについて国税庁長官の承認を受けた場合に、寄附財産に係るみなし譲渡所得税が非課税になる制度です。（参考QA４.措置法40条の適用される要件等）
この承認を受けるために寄附をした人が承認申請書を提出する期限は、寄附の日から4か月以内です。（参考QA21.租税特別措置法40条申請の期限）
所得税法上の寄附金控除を受けつつ、措置法40条申請を検討しているときは下記の点に注意が必要です。
・寄附金控除における「寄附の日」とは、現実に支払った日をいいます。（所得税法基本通達78-1）
・一方、措置法40条申請でいう「寄附の日」は寄附を受ける側が受入れの決議をした日です。（措置法施行令第25条の17第1項関係解釈通達）
仮に下記（注）に該当する寄附として、有価証券等を宗教法人に寄附したときは、措置法40条の申請期限は宗教法人側で受入の決定をした日から4か月になります。
有価証券等の名義変更日から4か月ではありませんので注意してください。
（注）寄附金控除の対象となる寄附とは（参考QA1.本堂の改築にあたって、各檀家より受けた寄付について税法上の特典はありますか）
基本的に宗教法人への寄附は寄附金控除の対象とはなりません。
ただし次の場合に該当するときは、寄附金控除の対象になります。
（1）境内建物等の改築・修繕工事への寄附であり、財務大臣の指定を受けたもの
（2）能登半島地震により滅失又は損壊した被災建物等、またはそれ以外の固定資産の原状回復に充てるための寄附（時限措置）