解散が行われた宗教法人は、清算人が職務を執行します。したがって、それまでの代表役員（またはその代務者）は、規則に別段の定めがない限り、退任することになり、清算人を選任することが必要となります。
清算人は下記の者が選任されます。
清算人の職務は次のようなものです
「現務の結了」とは聞きなれない言葉ですが、解散時に未了の残務を結了させることです。継続している現状の取引や事務を完結させます。従業員の雇用契約の解消、賃貸借契約の解消などです。
債権の取立てとは、債務者から履行をうけることをいいます。売掛金を払ってもらうなどです。
有価証券や不動産などは、売却等によって現金化するのが原則です。
債務の弁済とは、法人の債権者に対して、債務を弁済することをいいます。買掛金の精算などです。
清算法人は、一定の期間内（２か月）に債権者に対して、少なくとも３回、その債権を申し出るべき旨を官報に公告し、かつ、知れている債権者には、各別にこれを催告しなければいけません。この期間内は、債務の弁済はできません。
解散をした宗教法人に残った財産（残余財産）は、規則で定めるところにより処分します。
清算が結了したときは、清算結了の日から2週間以内に、その主たる事務所において清算結了の登記を行います。
清算登記の完了後、遅滞なく、登記事項証明書を添えて、その旨を所轄法人に届けます。