日本国憲法では個人の信仰の自由を保障しています。宗教団体が本来の宗教活動（宗教教義を広め儀式を行う布教活動等）を行うことについては非課税としています。

一方、一般の事業会社が行うのと同じ事業を営むことも認められており、その事業に課税しないとすると、むしろ不公平となります。

したがって、このような収益事業に対する法人税の課税をする一方、特典も認めています。
収益事業を行っている場合は、一般会社に比べるとむしろ複雑になっています。

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