源泉徴収制度は、給与や報酬・料金などの源泉徴収の対象とされている所得を支払う者が、その支払の際に一定の所得税を徴収して国に納付するというものです。

また、平成25年1 月1 日から平成49年12月31日までの間に生じる所得のうち、所得税の源泉徴収の対象とされている所得については、所得税を徴収する際に、復興特別所得税を併せて徴収し、徴収した所得税と併せて納付することとされています。

この所得税及び復興特別所得税を徴収して国に納付する義務のある者を「源泉徴収義務者」といいます。源泉徴収の対象とされている所得の支払者は、それが会社や協同組合である場合はもちろん、官公庁、社団・財団であっても、全て源泉徴収義務者となります。したがって、宗教法人においても、その代表役員（住職、宮司等）や職員等に給与や退職手当を支払う場合、あるいは税理士等の報酬・料金、講演料等を支払う場合には、源泉徴収義務者として、その支払の際に、所定の所得税及び復興特別所得税を源泉徴収して納付する必要があります。

なお、非居住者や外国法人に対して、給与や報酬、不動産の使用料、土地・建物等の譲受けの対価等を支払う場合にも、所定の所得税及び復興特別所得税を源泉徴収して納付する必要があります。